L’outil de métabarcodage de GBIF

Le GBIF Metabarcoding Data Toolkit (MDT), développé par le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), est maintenant disponible sur Canadensys. Cette boîte à outils permet à la communauté canadienne de publier des données de métabarcoding sur GBIF via le nœud Canadensys. Il vise à formater et à partager les données de métabarcodage de l’ADN, telles que l’ADNe, dans des formats standards, accessibles et interprétables pour une publication en libre accès. Les ensembles de données d’ADNe comprennent généralement un tableau d’OTUs avec les séquences lues, un tableau de taxonomie avec les séquences et les informations sur les espèces, ainsi qu’un tableau d’étude et d’échantillon présentant les métadonnées.

Cette boîte à outils élargit donc la possibilité de publier des ensembles de données qui ne pouvaient pas être traités auparavant à l’aide du format Darwin Core actuel, la norme utilisée pour la publication de la biodiversité via l’IPT de Canadensys.

Ce MDT est développé dans le cadre de la phase pilote du Programme de Metabarcodage de données de GBIF en parallèle d’un guide d’utilisation détaillé et continuellement amélioré pour soutenir les utilisateurs et utilisatrices dans la publication de leurs données au niveau mondial.

Vous pouvez accéder au guide d’utilisation complet et à la FAQ sur la page du MDT canadien.

Accéder au MDT sur Canadensys

Comment utiliser cet outil

L’outil de metabarcodage de données de GBIF est configuré pour fonctionner dans l’un des deux modes suivants :

• Mode de publication : Les utilisateurs et utilisatrices du MDT peuvent publier des ensembles de données sur GBIF. Les utilisateurs et utilisatrices doivent être associé·e·s à une organisation/institution. Le MDT crée l’archive et la publie sur GBIF à travers une nouvelle série d’étapes de publication qui sont similaires mais différentes de celles de l’IPT Canadensys. Il s’agit en fin de compte d’une plateforme de publication sur GBIF.

• Mode de conversion uniquement : Les utilisateurs et utilisatrices du MDT peuvent l’utiliser pour transformer leurs jeux de données en archive Darwin Core (DwC-A) prêtes pour la publication sur GBIF, mais ils/elles doivent les télécharger pour les héberger et les publier dans un autre dépôt, tel qu’un IPT.

N’hésitez pas à nous faire part de vos commentaires ou de vos questions !

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Illustration de couverture part Javier Andrés Gamboa Martínez, Chargé de communication, Secrétariat de GBIF.